En l'année 1889, au milieu de l'océan Atlantique, de nombreux navires étaient victimes d'accidents. Les gens en attribuaient la responsabilité à des monstres marins rescapés des temps anciens, mais bientôt, les différentes puissances maritimes commencèrent à s'accuser mutuellement de perpétuer contre leurs flottes respectives des attaques utilisant des armes nouvelles. C'est à cette époque que s'instaurèrent progressivement de dangereuses tensions militaires. L'industrie lourde sous la conduite des acieries augmentait, accroissant le commerce intérieur. Le pouvoir de chaque nation s'amplifiait, se ressentant d'abord surtout dans leurs colonies africaines ou asiatiques. Les escarmouches devinrent monnaie courante, et en cette fin de XIXe siècle, les peuples sentaient qu'on s'acheminait doucement vers un conflit mondial.

L'histoire commence avec Jean arrivant à Paris. Adolescent brillant de 14 ans, passionné par la science, Jean vient aider son oncle Henri à mettre au point un avion pour la compétition de vol de l'Exposition Universelle de Paris de 1889. Tous deux sont heureux de constater les échecs des concurrents du concours. Au cours de la conversation, l'oncle henri nous rapporte la disparition du père de Jean lors d'une mission scientifique au beau milieu de l'Atlantique. Et comme Henri fair remarquer à son neuveu qu'il faut s'amuser et qu'il devrait trouver une petite amie, Jean remarque une jolie jeune fille passant à bicyclette sur le quai qui le surplombe. Le jeune garçon décide de prendre alors une pause, promet à son oncle d'être de retour pour leur tour de vol, et suit la jeune fille. Cependant, Jean n'est pas la seule à suivre la jeune fille. Trois étranges personnages suivent aussi le parcours de la jeune fille à bicyclette.

Entre-temps, celle-ci a atteint l'un des plus haut points d'observation de Paris, la Tour Eiffel, et se pose des questions sur ses origines - de France, d'Égypte, d'Espagne, d'Italie, etc. - puisqu'elle n'a aucune idée du pays où elle est née. Elle se demande, tout en parlant à son petit lionceau Attila, si elle ne vient pas d'Afrique, comme lui.

L'ayant finalement rattrapée, Jean tente de se présenter, et échoue misérablement, se voyant répondre "Excusez-moi, mais je ne vous connais pas. Et j'ai horreur d'adresser la parole à quelqu'un que je ne connais pas."

Interdit, Jean persiste : "Il est vraiment bizarre votre chat"

"Evidemment, c'est un lion." La première réaction d'Attila à la vue de Jean est semblable à celle de sa maîtresse.

Mais avant que Jean ait une chance de poursuivre sa tentative de conversation er démontrer sa maladresse devant la gente féminine, le joyau bleu que porte autour de son cou la jeune fille se met à émettre des flashes rougeset des sons d'alarme. La jeune fille dit à Attila qu'il est temps de partir, mais tous les trois sont alors bloqués par les trois sinistres individus qui épiaient la jeune fille : une femme et deux hommes. Après une petite démonstration de force, la femme, Gladys, demande à la jeune fille, son bijou. Jean refuse pour Nadia, et le résultat ne se fait pas attendre.

"C'est là que tu te trompes ? N'est-ce pas, Caïus." "Evidemment." "N'est-ce pas, Titus." "Bien sûr." "Alors, occupez vous d'elle!" "C'est parti."

La fille et son lionceau s'avèrent être difficile à attraper, et distraient les deux hommes d'un Jean ébahi, en effectuant un habile saut périlleux pour s'enfuir, et les trois sbires partent à sa recherche. Entre-temps, Jean réfléchit et se dit que le seul endroit logique où il peut espérer retrouver une telle jeune fille accompagnée d'un lion est le cirque ambulant qui est en ville pour la durée de l'Exposition Universelle.

Effectivement, il l'y trouve exécutant un numéro d'acrobatie, et apprend ainsi, durant le spectacle, son nom : Nadia. Pendant que Jean contemple Nadia et ses acrobaties, la bande des trois est arrivée entre-temps, et tente de persuader le patron de Nadia - qui est le propriétaire du cirque -, à fort coup de gentillesse et beaucoup d'argent, qu'il est temps pour elle d'avoir un nouveau foyer.

De retour dans son wagon, une Nadia alarmée est accueillie par Caïus d'un "Bonjour, Mademoiselle." Elle refuse l'arrangement, au grand dam de son patron qui cherche à l'amadouer, et s'enfuie, aidée par la diversion créée par l'arrivée de Jean sur un prototype de mote. Jean propose son aide à la jeune fille qui cède, à contrecœur, devant le bouquet de fleurs que lui tend Jean. Malheureusement, Jean réalise qu'il est dépassé par l'apparition brutale du Gladys Tank (ou Gratan) une machine rouge à une seule porte, blindée et convertible, comportant une technologie de pointe, un système d'opérations musical et une liste incroyable d'options. Des bras sortent du tank rouge, attrapent Nadia et évoient valdinguer Jean sur une cheminée.

Ayant échoué dans sa tentative de rescousse, Jean regarde les trois individus prendre l'air, ayant converti le tank en dirigeable. Voyant là une chance de sauver Nadia, Jean retourne à la compétition de vol, et embarque dans le planeur de son oncle surpris, qui ne peut que lui demander ce qu'il avait fait pendant tout ce temps. Vérifiant ses instruments de vol, Jean prend brutalement son envol et tente alors de sauter sur le Glatank qui vole. Sans l'avoir réellement prévu, il effectue une approche directe pour rattraper Nadia, perforant le ballon, et la récupère. Il faut noter que c'est Nadia qui protège Jean comme tous les deux sautent dans la Seine depuis le dirigeable endommagé par le planeur.

Ayant perdu sa proie, Gladys explose, proclamant que, malgré ce petit contre-temps, elle aura la Pierre Bleue, tôt ou tard.

Entre-temps, Jean, Nadia et Attila ont trouvé leur chemin jusqu'au bateau de Jean. Remerciant Jean de l'avoir sauvée, Nadia ne sait pas où elle ira : le cirque avait été son foyer, et ne peut plus y retourner. Jean, notant que, comme elle, il est un orphelin qui se débrouille par soi même parfois, lui propose d'embarquer et de l'emmener chez lui, au Havre. Nadia accepte, et semble finalement commencer à penser qu'après tout, il existe quelqu'un dans le monde avec qui elle peut être amie.

Dialogues                : Hisao Ohkawa
Storyboard               : Shigeru Morikawa, Hideaki Anno
Direction technique      : Shigeru Morikawa
Direction de l'animation : Shunji Suzuki
Animateurs à signaler    : Kazuya Tsurumaki, Takeshi Honda